Instale PulseAudio Volume Control do Ubuntu Software Center, que tem muitas opções para escolher.
Após a instalação, na guia "Dispositivos de saída" do aplicativo, escolha seus fones de ouvido e, na guia "Dispositivos de entrada", escolha o microfone interno. Ao pressionar o botão verde, você pode escolher qual dispositivo permanecerá sempre como padrão (o dispositivo que não estiver selecionado será o padrão, não o contrário)
Você também pode escolher configurações por aplicativo específico, iniciar a chamada do Skype e ir para a guia "Gravação", onde você pode selecionar o microfone interno e em "Reprodução", você pode selecionar fones de ouvido.
A opção adicional é escolher o perfil adequado na guia "Configuração".