Acho que resolvi meu problema, possivelmente permanentemente. Ainda não tenho certeza.
Eu mudei os ícones para os lugares que eu queria que eles estivessem na área de trabalho. Depois disso, eu deletei todas as entradas no gvfs-metadata como root (não sei se isso faz diferença ou não). Então eu desabilitei "Global Dark Theme" na Tweak Tool. E então eu mudei todo tema / ícone / fonte / etc. configurações para o tema padrão do Ubuntu, "Adwaita". Eu fiz logout (usando CTRL + ALT + DEL, se isso for significativo) e tentei fazer o login novamente.
O Ubuntu travou quando tentei fazer o login novamente, então tive que segurar o botão liga / desliga. Esta é uma ocorrência bastante normal para mim sempre que eu mudo a interface do usuário, infelizmente. De qualquer forma, eu reiniciei o laptop e tentei acessar o Ubuntu novamente. Eu entrei e voila! Meus ícones ficaram onde eu os coloquei. Voltei para o Flatabulous e meus ícones personalizados, desconectei e entrei novamente para ver se as alterações estavam emperradas. E eles fizeram! Viva!
Espero que isso seja permanente. Eu realmente estou esperando que seja. Passei muito tempo tentando corrigir esse problema hoje.