Como regra geral, é desaconselhável (na melhor das hipóteses) tornar /root uma partição separada do sistema de arquivos raiz ( / ). O motivo é que esse é o diretório inicial do usuário root , e é essencial que esse local permaneça acessível mesmo em caso de um problema grave, como danos ao arquivo /etc/fstab .
Eu não sei se isso está relacionado ao seu problema, mas pode ser - é possível que exista algo no procedimento de inicialização ou desligamento do Ubuntu que esteja interagindo mal com o uso de uma partição /root separada. Certamente o uso de uma partição /root separada é tão raro que este caso não teria absolutamente nenhum teste pelos desenvolvedores do Ubuntu.
Eu recomendo que você reconsidere essa prática. Dado o modelo de segurança do Ubuntu, /root provavelmente contém poucos ou nenhum arquivo, além de arquivos de contas clichê. Se você está armazenando alguma coisa lá (especialmente algo grande o suficiente para justificar a criação de uma partição separada para esses arquivos), poderia ser outro local seria mais sensato.