A maneira mais fácil e segura de falhar é salvar seus arquivos em arquivos archive protegidos por senha, 'zip' sendo o formato de arquivo archive mais popular que suporta essa proteção. Esse formato é suportado diretamente na maioria dos sistemas operacionais, incluindo o Ubuntu e o Windows, sem instalar nenhum outro aplicativo.
Se você quiser criptografia completa da unidade, será necessário instalar um aplicativo de criptografia de terceiros, que é de plataforma cruzada e / ou oferece um aplicativo dedicado para as várias plataformas.
VeraCrypt parece ser o atual popular e mais confiável (ainda em desenvolvimento ativo, é opensource) app para isso. É um fork e um verdadeiro sucessor do popular TrueCrypt, que não está mais sendo desenvolvido.
N.B: Eu não usei pessoalmente VeraCrypt, por favor, veja se ele atende às suas necessidades