Este não é um problema do Ubuntu, mas um problema da Microsoft. Como você disse, o seu disco rígido externo é formatado com NTFS, o que significa que você não é tão livre para escolher seus nomes de arquivos como você está usando ext.
Você não pode usar nenhum desses caracteres em nomes de arquivos ao usar o NTFS: U + 0000 (NUL) / (barra): (dois pontos) * (asterisco)? (Ponto de interrogação) "(citação) < (menor que) > (maior que) e | (tubo).
Se você deseja exibir seus arquivos no Windows (que é o único motivo para usar o NTFS), a Microsoft o restringe ainda mais: você não pode usar a barra invertida (\) e certas palavras.
Além disso, você pode ter problemas se usar nomes de caminho longos. Com ext, nomes de caminho podem ser o tempo que você quiser, mas a Microsoft limita o tamanho do caminho.
Você pode resolver este problema (na verdade, você o evita) formatando a partição em seu disco rígido externo com o ext4. O GParted pode fazer isso.
sudo apt-get install gparted
Por favor, note que formatar uma partição fará com que os dados anteriormente armazenados nesta partição sejam inacessíveis.
Se você simplesmente deseja transportar os arquivos entre duas máquinas que são capazes de lidar adequadamente com nomes de arquivos, cole esses arquivos e dê à tarball um nome aceitável para NTFS.