Se o backup e a reformatação forem uma opção, você pode usar a opção -N of mkfs.ext4 :
-N number-of-inodes Overrides the default calculation of the number of inodes that should be reserved for the filesystem (which is based on the number of blocks and the bytes-per-inode ratio). This allows the user to specify the number of desired inodes directly.
Eu procurei por man tune2fs , mas parece que esse número não pode ser alterado em um sistema de arquivos existente ( tune2fs é o comando usado para alterar um sistema de arquivos ext2-4 ).