Verifique o modo de transferência por FTP!
ASCII pode não funcionar como supostamente em alguma combinação cliente / servidor ftp em sistemas operacionais diferentes.
O modo Binário também deve ser usado com formatos de arquivo binários e arquivos de texto Unicode para confirmar a integridade dos dados. Neste modo, os dados são copiados bit-a-bit, ele constrói a mesma cópia exata. Referência: PDF de Corrupção de Upload de FTP
Auto pode não funcionar bem para alguns clientes porque os programas executáveis não precisam estar com uma extensão específica no Linux.