Claro que você pode fazer isso, não há problema algum. Na verdade, algumas pessoas até compartilham a partição swap entre o Linux e o Windows.
Como você pode ver no meu Ubuntu Desktop - eu tenho duas unidades (uma que eu adicionei mais tarde). Ambos os discos rígidos têm o Windows e o Linux.
E é assim que eles aparecem (aparecem) na barra lateral do Ubuntu Desktop 14.04.3
com o Rótulo de Volume exato do Windows. Você pode acessá-los imediatamente.