Durante a instalação, você será perguntado onde deseja instalar o Ubuntu. Você pode escolher a unidade SSD e especificar que deseja que toda a unidade seja usada. Um bit será separado para a troca embora.
Após a instalação ser bem-sucedida, o HDD será montado automaticamente em / media / {some long drive id}. Se você quiser alterar o ponto de montagem do HDD para algo mais fácil de lembrar, será necessário mexer com o fstab.