Você usa -r (copiar recursivamente) e especificar o novo nome
cp -r /path/to/directory /path/to/location/new-name
substitua pelos caminhos reais ... por exemplo, para copiar stuff do meu diretório home para um diretório existente backup e nomear o novo diretório stuff-backup (se esse diretório já existir , observe que stuff será copiado para , não sobrescrevê-lo).
cp -r ~/stuff ~/backup/stuff-backup
~ é um atalho para o seu diretório pessoal /home/$USER ou /home/zanna no meu caso. Você pode omiti-lo se o diretório de trabalho atual for o seu diretório pessoal - você pode ver isso no seu prompt
zanna@monster:~$
^--the ~ here is where I am - home!
Você pode adicionar o sinalizador -v verbose para que cp informe cada cópia sendo executada ...
$ cp -vr stuff backup/stuff-backup
'stuff/thing1' -> 'backup/stuff-backup/thing1'
'stuff/thing2' -> 'backup/stuff-backup/thing2
...