O que eu encontrei foi que para cada configuração de host virtual ...
/etc/apache2/sites-availiable/doamin1.com.conf
e
/etc/apache2/sites-availiable/doamin2.com.conf
<VirtualHost *:80>
*//configriation*
</VirtualHost>
Eu alterei o /etc/apache2/sites-availiable/doamin1.com.conf para ficar assim
<VirtualHost domain1.com:80>
*//configriation*
</VirtualHost>
e /etc/apache2/sites-availiable/doamin2.com.conf para ficar assim ...
<VirtualHost domain2.com:80>
*//configriation*
</VirtualHost>
Acho que isso acontece porque ambos os arquivos estavam procurando pela diretiva *: 80 na linha de abertura do bloco. Isso fez com que o servidor revertesse para o primeiro arquivo conf e usasse o "DocumentRoot" naquele bloco de host virtual.