Use algo como htop
e ele mostrará a quantidade de memória alocada para cada processo.
sudo apt-get update
sudo apt-get install htop
sudo htop
Pressione F6 para escolher o que ordenar os resultados por.
Além disso, você verificou se algo pode estar constantemente preenchendo os registros de erros?
EDITAR:
Como você identificou que o culpado está usando muito espaço para os arquivos de log, talvez você queira procurar algo como logrotate
para ajudar a gerenciar os arquivos de log.
Aqui está uma descrição oficial:
Description-en: Log rotation utility
The logrotate utility is designed to simplify the administration of
log files on a system which generates a lot of log files. Logrotate
allows for the automatic rotation compression, removal and mailing of
log files. Logrotate can be set to handle a log file daily, weekly,
monthly or when the log file gets to a certain size. Normally, logrotate
runs as a daily cron job.
Naturalmente, você também pode alterar as configurações do aplicativo para relatar erros, reportar apenas avisos e erros ou relatar tudo.
Para instalar o logrotate:
sudo apt-get update
sudo apt-get install logrotate
Para mais informações:
man logrotate