O MP3 usa a compactação com perdas . Apenas recomprimindo e fazendo mais nada, você perde dados e introduz artefatos. Dito isso, uma queda como essa provavelmente significa que ela está alterando a taxa de bits ou a taxa de amostragem, de modo que há menos dados sendo armazenados. Ou talvez a antiga compressão fosse lixo.
De qualquer forma, eu não recompraria. Use algo como ReplayGain . Esta é uma variável definida nas tags do arquivo para dizer quanto mais alto a faixa deve ser para corresponder ao seu álbum. Você pode configurá-lo sem recompressão. A desvantagem é que o jogador precisa usá-lo.