Sua máquina soa muito marginal para a execução da unidade. Eu tive problemas semelhantes com janelas piscando e travas na minha velha máquina 2G max HP que eu tinha atualizado de 12,04 (unidade 2D) para 14,04. Depois de correr em OK por meses, depois de uma atualização, os problemas começaram - eu pensei que tinha frito a placa-mãe. Eu finalmente instalei o Lubuntu, e funcionou muito melhor para mim. Backup de todos os seus arquivos e reinstalar Lubuntu seria minha correção sugerida. Eu também andava por aí com os drivers da Nvidia, mas eles na verdade funcionavam melhor que o nouveau em termos de superaquecimento.
Você pode começar com a instalação de outros desktops no seu Ubuntu atual, como xfce4, LXDE, etc., e escolhê-los no login (clique no ícone do Ubuntu no canto da janela de login). Para ver se eles ajudam o problema. Eu acabei removendo unidade e usei o xfce4, mas também instalei o Lubuntu e descobri que a configuração era mais fácil para mim.