É apenas para 3 dedos e menos gestos? se assim for, pode ser porque a synaptics está usando, tente
synclient TapButton3=0 && synclient ClickFinger3=0
que desativará as ações de 3 dedos das sinápticas e usará as ações da touchegg. Da mesma forma, ao desabilitar o toque de 2 dedos e tocar, você pode fazer com que o toque de dois dedos de touchegg funcione (juntamente com a rolagem de 2 dedos inferior do touchegg).