Existem vários sistemas de arquivos virtuais que podem mesclar dois locais reais em um. Você tem que montar cada um separadamente, mas você pode combinar esses pontos de montagem em um.
Um problema é determinar onde os novos arquivos são escritos, então, para simplificar, o que eu uso é somente leitura (e escrevo nas montagens diretas). Isso vai funcionar para você.
Isso é o que eu tenho no meu /etc/fstab
:
ntfs-3g /dev/sdb2 /media/sdb2
ntfs-3g /dev/sdb3 /media/sdb3
none /mnt/md0 aufs ro,br=/media/sdb2:/media/sdb3 0 0
E você substituiria todas as três linhas com sua matriz mais tarde.