Como foi muito bem indicado para mim, que essas letras estão no lugar para evitar que os sistemas operacionais usem os mesmos nomes para diferentes programas. Também para facilitar a visualização de qual SO o pacote pertence.
Os que você listou são para o GNOME. Eles trabalham em outros ambientes, eles foram desenvolvidos apenas no GNOME. Se você digitar man gedit , mostra o nome e é isso que mostra.
gedit - text editor for the GNOME Desktop
A mesma regra se aplica a aplicativos como k3b um aplicativo de gravação para o K Desktop Environment.
k3b - KDE CD burning program
k3b pode ser instalado no GNOME ou em outros ambientes digitando
sudo apt-get install k3b
Quando um aplicativo é instalado em outro ambiente de desktop, ele captura arquivos de dependência que funcionam para o ambiente para o qual foi desenvolvido. No entanto, ele não instala o ambiente de área de trabalho real.
NOTA: isso nem sempre é verdade. Sugiro que, em caso de dúvida, verifique o man page ou o site dos desenvolvedores, pois eles devem mostrar por que ele é chamado de como é.