Que tal isso:
#!/bin/bash
IFS=$'\n'
for file in $NAUTILUS_SCRIPT_SELECTED_FILE_PATHS; do
result="${result}"$(md5sum "${file}")"\n"
done
zenity --info --text="${result}"
Eu aprendi com link que o Nautilus coloca a lista de arquivos selecionados naquela variável NAUTILUS_SCRIPT_SELECTED_FILE_PATHS. Eles estão separados por novas linhas. Portanto, defino a variável IFS como "newline", de modo que um ciclo "for" seja repetido em linhas, e não em palavras delimitadas por espaços em branco, como é o padrão. Para cada linha / arquivo, executo o md5sum nele e acrescento o resultado a uma variável. Finalmente, a variável é enviada usando zenity como você fez originalmente.
Isto irá simplesmente mostrar o md5sum para quaisquer arquivos selecionados (ele também funciona para mais de 2 arquivos), assim você pode determinar visualmente se eles são os mesmos. Obviamente, você pode modificar esse script de acordo com suas necessidades:
- Talvez seja só sair se mais de dois arquivos forem selecionados
- Faça a comparação do md5 no script e apenas imprima "idêntico / diferente" com base no resultado.