Eu tenho usado o pacote gnome-session-flashback há algum tempo e ele nunca causou esse problema antes, mas acabei de instalar uma nova máquina com o Ubuntu 14 LTS e, quando instalei este pacote, ele parava de exibir ícones da área de trabalho Eu abro uma nova instância do File Explorer.
Toda vez que eu executo este comando, eles aparecem, mas desaparecem quando eu abro o explorador de arquivos:
gsettings set org.gnome.desktop.background show-desktop-icons true
Eu também tentei configurá-lo a partir do editor de dconf, embora eu ache que ambos são iguais e com o mesmo efeito.
Então, se alguém está tendo esse problema, é porque o Nautilus dele está abrindo com --no-desktop flag. Muito provavelmente é um ícone ou link criado por você e ao editar suas propriedades você pode remover o sinalizador para fazê-lo funcionar para que os ícones do desktop não desapareçam mais.