Eu sei que essa é uma pergunta antiga, mas eu a deparei ao procurar uma resposta para um problema semelhante, tamanhos de fonte minúsculos nas guias do navegador e nos menus do programa.
A solução que encontrei (para o Kubuntu 16.04, de qualquer forma) estava nas configurações do sistema > fontes > e na parte inferior da página há uma opção para "Forçar fontes DPI:" com uma opção para aumentar ou diminuir o número (o padrão é 72 ou 96). Eu aumentei meu até 168 para obter fontes de 16pt para olhar sobre o normal em uma tela com uma resolução de 2560 x 1440. Clique em "aplicar" e reinicie os aplicativos para ver se isso o corrige.