Os ícones indicadores perdidos foram devidos ao meu próprio erro: confundi o applet "área de notificação" com o "applet indicador". Eu adicionei as três versões diferentes de "applet indicador", que mostram apenas o indicador de volume, se alguma coisa em tudo. No entanto, o applet "área de notificação" é o correto a ser adicionado.
Este applet agora também mostra os indicadores do teclado como eu quero.
UPDATE: Acontece que eu tenho o mesmo problema em um computador diferente agora. A área de notificação está lá, mas não há indicador de layout de teclado. De volta ao quadrado 1.