Vá para o Gerenciador de Pacotes Synaptic (você pode pesquisá-lo a partir do canto superior esquerdo da maioria dos ícones se não for capaz de encontrá-lo)
Em seguida, clique em Settings->Preferences
.
Em seguida, vá para Rede, escolha configuração de proxy manual e, em seguida, aplique depois de configurar as configurações de proxy. Isso vai funcionar para você.