Como root, podemos matar todos os processos de um usuário com:
sudo pkill -u <username>
Depois disso, o lightdm apresentará a tela de login.
Observe que isso encerrará imediatamente todos os aplicativos que um usuário executou. Os dados não salvos serão perdidos.
Para desabilitar uma conta de usuário, veja Como habilitar ou desabilitar um usuário?