shred é bem adequado para a tarefa. Pessoalmente, eu realmente gostaria de escrever para os blocos em vez de enrolar a coisa toda em criptografia. Exemplo,
Zap o disco com o gerador de dados aleatórios openssl e depois o fragmenta. Se você realmente está preocupado com os dados que podem ser deixados no disco, então você deve removê-lo e destruí-lo fisicamente. É a única maneira de ter certeza, pois está 100% sob seu controle.