Eu acredito que a resposta é: sim, será a menos que você diga que não.
Verificar "Substituir o Windows pelo Ubuntu" apaga todas as partições do Windows. Se você quiser mantê-los (ou seja, D :, E :) exceto C: escolha "manual" e remova C: você mesmo e depois escolha o espaço não alocado.
Esperamos que você crie um backup de seus documentos importantes (no mínimo os documentos que você não pode baixar novamente) antes de começar a mexer nas partições. Um erro é cometido rapidamente e a leitura incorreta das opções do instalador durante o particionamento eliminará seus dados.