Um diretório em /home é igual a qualquer outro diretório. Sem uma entrada correspondente no banco de dados passwd (seja o próprio arquivo ou no AD), ele não possui status especial. Eu fiz diretórios lá por acidente (um cd demais) sem efeitos colaterais. É claro que, para todos os nossos usuários LDAP, criamos os diretórios base manualmente no servidor NFS, copiamos /etc/skel , depois fazemos chown e outras coisas. Quando o usuário efetua login, eles usam seus diretórios base normalmente.