Para executar arquivos executáveis do nautilus, basta clicar duas vezes neles.
O motivo pelo qual você não vê nada é provavelmente porque os programas que você está fazendo são aplicativos de terminal (sem uma interface gráfica do usuário) e, portanto, são executados em segundo plano, sem nenhum lugar para exibir sua saída.
Assim, enquanto o programa em si é executado, você não vê o resultado dele.
Se um aplicativo tiver uma Interface Gráfica com o Usuário, você não terá absolutamente nenhum problema em executá-lo clicando duas vezes nele.
O que eu faço para resolver este problema, é baixar o pacote nautilus-open-terminal
(requer o relogin para ativá-lo) que adiciona uma opção "abrir terminal aqui" ao nautilus.
Então, sempre que eu quero executar algo do diretório atual com não tem uma GUI, eu abro um terminal no diretório atual e o executo através do terminal.