Este tópico é esclarecedor para a solução. Você deve excluir o conteúdo de ~/.config/deluge/ipc/
manualmente ou, se o problema persistir, tentar excluí-los após cada reinicialização. Uma maneira de fazer isso é adicionar esta linha:
rm /home/<<<your.username>>>/.config/deluge/ipc/
em /etc/rc.local
, antes da linha exit 0
.