Para ver o que está usando seu espaço em disco, você pode usar a ferramenta "Baobab" do Disk Usage Analyzer.
Se não for instalado por padrão, instale através do Centro de Software ou de um terminal com
sudo apt-get install baobab
Este programa funciona melhor se for executado como root, porque há certos arquivos que não são visíveis para usuários normais, portanto, execute-o com
pkexec env DISPLAY=$DISPLAY XAUTHORITY=$XAUTHORITY baobab
Isso deve mostrar o que está usando seu espaço em disco.
O comando df -h
também lhe dará uma indicação aproximada.