Melhor alternativa IMHO é sysv-rc-conf
Para instalar basta executar o comando:
sudo apt-get install sysv-rc-conf
Uma vez instalado, execute o comando:
sudo sysv-rc-conf
Você pode marcar ou desmarcar as opções para iniciar um serviço em qualquer nível de execução e pode até interromper ou iniciar os serviços a partir desse console. É uma ferramenta indispensável para ativar ou desativar aplicativos de forma permanente para inicializar o seu Ubuntu
Se você precisar de uma mudança rápida, então você pode usar a interface CLI:
Por exemplo, para parar o ssh nos níveis 3 e 5 da execução:
sysv-rc-conf-off level 35 ssh
Atd para iniciar nos runlevels 2,3,4 e 5:
sysv-rc-conf on atd
Se você quiser saber mais:
man sysv-rc-conf