Como você já foi informado, a questão principal era o espaço na definição da variável. No entanto, seu arquivo ~/.bashrc tem mais alguns problemas. Primeiro de tudo, não é o lugar certo para definir as variáveis PATH ou PERL5LIB . Esses devem ser adicionados a ~/.profile ou, se o arquivo existir, a ~/.bash_profile .
Além disso, todas as linhas export podem ser combinadas nessas duas:
export "PATH=$PATH:/usr/lib/lightdm:/usr/local/sbin:usr/local/bin:/usr/sbin:/home/lib-11/Downloads/randfold-2.0/randfold:/home/lib-11/Downloads/mirdeep2"
export PERL5LIB="PERL5LIB:/home/lib-11/Downloads/mirdeep2/lib/perl5/site_perl/5"