Eu só tive que lidar com essa questão em um novo trabalho. Estou usando 14.04 LTS e meu problema era aparentemente que o nome do servidor que eu estava usando para endereçar o repositório git era na verdade um alias no servidor DNS para outro nome de servidor. Quando usei o outro nome de servidor, não tive problemas e não precisei instalar um certificado ou alterar nada no lado do servidor.