Eu encontrei a solução. Depois de apertar r para girar a página, clico em k , que é o atalho de teclado para "keep transformation". Depois que fiz isso, a rotação foi salva em todo o resto da história em quadrinhos.
Na versão 1.00-1, essa opção não é encontrada no menu Preferências . Eu acho que foi encontrado no menu Preferências em versões anteriores do mcomix.
Eu encontrei essa opção passando por ~/.config/mcomix/keybindings-gtk.rc