Provavelmente não há ninguém que saiba exatamente onde a configuração do teclado é mantida . Depende se você tiver ibus set (por padrão yes), quais xkb configurações você tem, e do registro-sob-outro-nome que se tornou o banco de dados gsettings.
Tente usar dconf-editor e compare os bits da configuração no esquema desktop.ibus e / ou org.gnome.input-sources --- uma captura de tela da segunda segue.
PD sim, estou muito triste com a situação. O teclado internacional está quase todo quebrado no Ubuntu desde 13.04, muitos relatos de bugs, e ainda não foram resolvidos.