Eu realizo uma tarefa semelhante usando a ferramenta wmctrl
o comando wmctrl -l
listará as janelas atuais
comando 'wmctrl -r -e 0, X, Y, W, H moverá / redimensionará a janela
Exemplo:
wmctrl -i -r 'wmctrl -l | grep "A Window Title" | tail -1 | cut -f1 -d" "' -e 0,1421,300,498,320
Eu tenho meu script com um monte de linhas como a acima, na inicialização, mas eu acho que você poderia ter um conjunto de scripts e atribuí-los a vários atalhos
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Para tornar sua vida um pouco mais fácil, mova uma janela para onde você desejar, execute a ferramenta xwininfo
em um terminal separado e clique na janela que deseja mover com o wmctrl. O xwininfo mostrará a altura, a largura e todas as coordenadas da janela em que você clicou.