Então eu percebi isso. Existe outro diretório terminfo compilado em /lib/terminfo/
. Eu só precisei copiar o arquivo xterm de lá para o diretório acima, então:
sudo cp /lib/terminfo/x/xterm /usr/share/terminfo/x
As dependências de instalação do petalinux (que é realmente Yocto) incluem ncurses. Eu acho que talvez durante o processo de instalação o arquivo terminfo xterm não tenha sido copiado para o diretório apropriado, ou talvez o petalinux tenha instruído o arquivo compilado a estar neste outro diretório. Eu não sei. O aviso parou.