Instalei o IRAF atual (v216.1) no Ubuntu 12.04 e executei um erro semelhante. Acabou que o xgterm está no sistema, mas não está no caminho. No meu caso eu tive que criar este link simbólico:
$ ln -s ~/opt/iraf.v2161/vendor/x11iraf/bin.linux/xgterm .iraf/bin/
(onde ~ / opt / iraf.v2161 / é o diretório raiz no qual instalei o iraf).
Agora o xgterm está disponível e o comando iraf é iniciado corretamente
$ which xgterm
~/.iraf/bin/xgterm
Eu assumo que sob o Scisoft o binário xgterm está no mesmo lugar, por exemplo
[scisoft-root-dir]/x11iraf/bin.linux/
como alternativa, você pode obter um executável vinculado estaticamente dessa maneira
$ wget ftp://iraf.noao.edu/pub/fitz/xgterm.STATIC