Eu também tive esse problema e apenas comentei as bandeiras ocultas:
...
#GRUB_HIDDEN_TIMEOUT=5
#GRUB_HIDDEN_TIMEOUT_QUIET=false
...
foi o suficiente. Dessa forma, não precisei executar os scripts de reparo de inicialização que são muito pesados e fazer muitas outras coisas que não tinha certeza se gostaria de aplicar ao meu sistema.
Nota importante: não se esqueça de executar:
sudo update-grub
ou suas alterações não serão registradas no grub e, portanto, elas serão inúteis.