Eu tive o mesmo problema devido a uma confusão de keyrings.
Vá para Sistema / Preferências / Senhas e Chaves de Criptografia.
Eu tinha dois keyrings lá, um chamado "login" sem chaves, e outro chamado "default" com várias chaves, por exemplo, a senha do meu wifi.
- Copie as senhas de todas as chaves no chaveiro "padrão" (para backup)
- Excluir o chaveiro padrão
- Logout
- Faça login e insira novamente as senhas quando solicitado, por exemplo, para seu Wi-Fi, etc.
A partir deste ponto, suas chaves e senhas serão armazenadas no chaveiro "login". Este chaveiro é desbloqueado quando você faz o login no Ubuntu, então você só precisa digitar sua senha uma vez.