A diretiva Order é fornecida pelo módulo mod_authz_host e pela exclusão o diretório /etc/apache2 que você fez com que ele se tornasse inativo. Você precisa reativar esse módulo.
A exclusão de todo o diretório não é uma boa maneira de começar de novo, por dois motivos: existem arquivos que pertencem a outros pacotes e porque o gerenciador de pacotes do Ubuntu acha que suas alterações são intencionais. apt-get install --reinstall não vai atrapalhar suas alterações de configuração.
Se você quiser remover um pacote e toda a sua configuração, o jeito certo de fazer isso é com dpkg --purge . Então, quando você reinstalar o pacote, você retornará à configuração padrão.
Provavelmente, a maneira mais fácil de recuperar a partir daqui é purgar todos os pacotes apache2.2 . Em seguida, reinstale apache2.2 .
(Outro curso é usar dpkg -i --force-confmiss /var/cache/apt/archives/apache2.2-common-*.deb para restaurar apenas arquivos de configuração ausentes, mas isso pode não ser suficiente se excluir o diretório também quebrou algumas configurações de tempo de instalação.