O gerenciador de janelas gerencia suas janelas. Coloca a decoração da janela em torno do conteúdo, incluindo os botões para minimizar ou fechar. Permite redimensionar e mover as janelas, decide qual janela está no topo. Metacity e Compiz são dois exemplos de hoje, twm e fvwm podem ser lembrados por pessoas velhas como eu.
Um ambiente de área de trabalho oferece uma experiência geral ao usuário. Tem os painéis, os menus do sistema, os acionadores de partida, os applets de status. Ele precisa de um gerenciador de janelas, é claro, para gerenciar as janelas. Pode oferecer um explorador de arquivos e visualizador padrão. Para simplificar, ele pode até conter editor padrão, programa de terminal ou até mesmo e-mailer, todos feitos para parecerem iguais e funcionarem juntos. Gnome, XFCE e KDE são os mais conhecidos no momento.