Veja a sequência fornecida por você:
bbx@bard:~$ more strace-uptime.txt
execve("/home/bbx/bin/uptime", ["uptime"], [/* 15 vars */]) = 0
...
Seu usuário não root bbx tem um script em ~/bin/uptime que é executado. Quando executado como root, outro programa uptime é executado. Para resolver isso, verifique o que o /home/bbx/bin/uptime está fazendo lá e remova-o, se possível. Caso contrário, use o caminho completo ( /usr/bin/uptime ).