Os arquivos amsrefs.sty e pcatcode.sty não estão incluídos no pacote texlive-latex-base , então provavelmente é por isso que você sabe que o diretório não existe.
Os arquivos que você está procurando estão em outro pacote do TeX Live, ou seja, texlive-bibtex-extra . Instale-o e seu documento deve compilar. Para instalá-lo, por exemplo,
sudo apt-get install texlive-bibtex-extra