Você pode usar o rfkill para conseguir isso.
Faça
rfkill list all
para obter a lista de dispositivos anexados ao seu sistema. Anote o índice do seu dispositivo sem fio e faça
rfkill block <index>
Quando quiser ligá-lo novamente, você pode usar
rfkill unblock <index>
Se você está preocupado que o índice possa mudar, você pode usar apenas especificá-lo como 'wlan' em vez de especificá-lo por índice. Como,
rfkill block wlan
rfkill unblock wlan