Eu encontrei o programa responsável. O indicador "my-weather-indicator" possui uma opção de widget. No entanto, esse widget não funciona corretamente e coloca o pino / círculo descrito abaixo na área de trabalho. Talvez isso funcione corretamente, se a camada de unidade do widget estiver ativada.
Eu me livrei dos ícones agora abrindo as preferências do indicador de clima e desativando a opção do widget.