Sim, você pode, as duas coisas que você procura são:
- O equivalente a
/etc/apt/sources.list.d/*éDir::Etc::SourceParts. - O
/etc/apt/sources.listequivalente éDir::Etc::SourceList - O
/var/lib/apt/lists/equivalente éDir::State::Lists
Há um monte deles na página apt-get man. Um exemplo usando todos eles:
apt-get update -o Dir::Etc::SourceParts "/some/path/with/lists/" -o Dir::Etc::SourceList "some.list" -o Dir::State::Lists "/custom/apt/lists"