Os repositórios da Amazon estão disponíveis apenas para os sistemas registrados da Amazon. Você não pode usá-los se não estiver usando os serviços do Amazon EC2 (um de seus farms), por isso nega acesso a qualquer coisa que tente usá-los.
Mude seus repositórios para o oficial http://archive.ubuntu.com/
e você ficará bem:
sudo sed -i 's/\.s3\.amazonaws\.com//ig' /etc/apt/sources.list{,d/*.list}
sudo apt-get update
Isso deve remover os servidores da Amazon da sua lista.