Isto é mais uma programação do que a questão do ubuntu, por isso provavelmente deve estar no estouro de pilha.
No entanto, seu problema provavelmente é que os erros não sejam capturados porque você está solicitando STDOUT e os erros estão sendo enviados para STDERR.
Existem duas soluções possíveis.
O primeiro é usar uma função php para capturar STDERR. Eu não sei o suficiente php para responder isso.
O segundo é direcionar o STDERR para o STDOUT. Executar
nginx -t 2>&1
Isto diz ao shell para mover tudo escrito para STDERR para STDOUT.
Para mais informações sobre fluxos de arquivos e stderr em particular: link