Você pode resolver o problema fazendo com que a gravidade suba. Não, sério;)
Você precisa fazer uma alteração simples no arquivo /usr/share/guake/guake.glade
. Abra esse arquivo com seu editor de texto favorito e procure a linha que diz
<property name="gravity">static</property>
Mude essa linha para que ela diga
<property name="gravity">north</property>
Salve o arquivo, reinicie o Guake e a lacuna deverá desaparecer.