Você deve instalar o software em /usr/local/
como root. Abra um terminal e digite:
cd /path/to/your/matlab/install/folder
sudo ./installer
Onde a pasta de instalação é a pasta que contém o script de instalação que você (presumivelmente) clicou. O "instalador" no segundo comando é o nome do arquivo de script de instalação que foi lançado anteriormente como usuário normal.